En el año 2000 pasa a ser presidente de la Ciudad Autónoma de Melilla tras a una moción de censura presentada por su partido, en ese momento la Unión del Pueblo Melillense, junto al Partido Popular y el PSOE, contra el entonces presidente Mustafá Aberchán, del partido Coalición por Melilla.
Cabeza de lista por idéntica coalición en 2003, fue reelegido presidente con mayoría absoluta.
Desde 2003 hasta 2011 ganó las elecciones a la Asamblea de Melilla con mayoría absoluta, hasta que en las elecciones a la Asamblea de Melilla de 2015 perdió la mayoría absoluta y se vio obligado a pactar con el Partido Populares en Libertad que acabaría finalmente siendo absorbido por el propio Partido Popular de Melilla.
Coalición por Melilla, PSOE y Ciudadanos lograron presentar un gobierno alternativo desbancando a Juan José Imbroda y al Partido Popular después de 19 años gobernando la ciudad autónoma.
[1] En 2023 el PP gana las elecciones de Melilla del 28 M con mayoría absoluta y Juan José Imbroda es elegido presidente de Melilla por mayoría absoluta con los 14 votos del PP y la inesperada abstención de la diputada cepemista Fatima Mohamed Kaddur.