En este periodo, impulsó la modernización de la entidad, su salida a Bolsa y posteriormente su integración en el grupo italiano MPS (Monte dei Paschi di Siena).

En 2006, Brugera pasó a formar parte del Consejo Asesor de Comsa, hasta 2009.

Desde 2007 y hasta 2011, Juan José Brugera fue presidente del Consejo de Panrico.

[4]​ Juan José Brugera es un apasionado del arte y la historia de Bizancio.

Juan José Brugera ha impartido conferencias y exposiciones sobre arte bizantino e iconografía de la iglesia ortodoxa, entre otros temas.