Juanjo Bernabé empezó a jugar en la cantera del Club Atlético Montemar hasta que en 1993 ficharía por el Vino de Toro Zamora.
Posteriormente fue fichado por el Club Ourense Baloncesto, con el objetivo de subir el equipo a liga ACB.
En 2005 fichó por el Climalia Baloncesto León donde pronto se convirtió en uno de los puntales del equipo, y en su base titular.
En la temporada siguiente fue una pieza clave para que el Climalia Baloncesto León lograra el ansiado ascenso a ACB.
A finales de la temporada 2009/10, el jugador entró en la historia del Baloncesto León al convertirse en el jugador que más minutos había disputado con la camiseta de la entidad desde que se conservan estadísticas oficiales (1990), desplazando del primer puesto a Xavi Fernández que en su momento había dejado la marca en 4.516 minutos.