Ramírez realizó el baby fútbol en el Club Asencio, luego pasó a Con Los Mismos Colores, equipos de su ciudad natal Mercedes.

Al año siguiente, en 2013, consiguió su primer título, salieron campeones del Torneo Apertura sub-16 pero Danubio logró el Clausura y la tabla anual.

[8]​ Ramírez fue ascendido a Primera por el nuevo técnico de Liverpool, Gabriel Oroza[9]​ para realizar la pretemporada 2016.

[12]​[13]​ Debutó en la competición internacional el 30 de enero, en el primer partido del grupo, contra el local, Cerro Porteño, el equipo paraguayo abrió el marcador pero su compañero Nicolás de la Cruz al minuto 15 anotó el empate parcial, finalmente Ramírez anotó su primer gol y puso el 1-2 definitivo.

El 2 de febrero, jugaron contra Lanús, el campeón argentino, fue un partido reñido en el que el árbitro sacó 10 tarjetas amarillas, pero Liverpool perdió 0-3.

Jugaron el último partido del grupo, el 5 de febrero contra Bolívar, para clasificar a la siguiente fase solo servía el triunfo, por lo que impusieron su juego y ganaron 0-12, Ignacio anotó un hat-trick, por lo que se llevó una pelota, su compañero De La Cruz también anotó por triplicado y se quedó con otro balón.

El 11 de febrero, jugaron la semifinal contra el campeón colombiano, Cortuluá, fue un partido parejo en el que no se sacaron diferencias y empataron 0-0 en los 90 minutos.

Por el título, quedaron emparejados Liverpool y el favorito, único equipo invicto con victorias en cada partido que disputó, Säo Paulo.

Juan Ignacio Ramírez anotó 130 goles en las divisiones formativas negriazules, récord absoluto en la historia del club.

[20]​ Asimismo, desde España los clubes Celta de Vigo, Getafe y Valencia fueron también potenciales destinos para el goleador uruguayo.

[28]​ Su debut oficial con Nacional fue el 6 de febrero en la fecha 1 del Torneo Apertura 2022, jugó como titular pero perdieron 2-3 ante Deportivo Maldonado.

[38]​[39]​ Debutó con la Celeste el 29 de abril, utilizó el dorsal número 11, se enfrentó como titular a Corea del Sur y perdieron 1-0.

El siguiente encuentro fue contra Francia, Ramírez fue titular nuevamente y esta vez ganaron 2-0 con goles de Federico Valverde.

El juego final, contra República Checa, fue un partido parejo en el que derrotaron 1-0 a los europeos y se coronaron campeones del cuadrangular.

[46]​ Jugó el primer amistoso de práctica del año, se enfrentaron a Boston River, Uruguay perdió 1-0 en los primeros 45 minutos, pero para el segundo tiempo el entrenador cambió todo el equipo y ese tiempo finalizó 1-1.

A fin de mes, el entrenador lo convocó para realizar una gira en Chile y jugar dos partidos amistosos contra la selección local.

Fue confirmado para jugar el Torneo Preolímpico Sudamericano Sub-23 de 2020, quedaron en tercer lugar y no clasificaron a los Juegos Olímpicos.