Jugó en las Grandes Ligas de Béisbol (MLB) para los Cincinnati Reds, Atlanta Braves, Milwaukee Brewers y los Toronto Blue Jays.

También jugó en la Liga Japonesa de Béisbol Profesional (NPB) para los Yomiuri Giants.

Francisco fue nuevamente un All-Star, tanto para la mitad de la temporada y la postemporada en la Florida State League.

Originalmente un bateador ambidiestro, Francisco desistió batear a la derecha en el 2009 para convertirse en un zurdo de tiempo completo.

Jugó en 109 partidos con los Mudcats, donde bateó para.281 con 22 jonrones y 78 carreras impulsadas en 437 turnos al bate.

Entrando coo bateador emregente por el jardinero izquierdo Darnell McDonald en el séptimo inning, Francisco ante el lanzador Jeff Fulchino se ponchó en su primera vez al bate en las mayores.

Irónicamente, en su mejor temporada estadística hasta la fecha, no fue incluido en ningún roster All-Star por primera vez en cuatro años.

Continuó produciendo en los playoffs, bateando seis jonrones y remolcando 18 carreras más.

[6]​ Su actuación le valió el Novato del Año de la Liga Dominicana.

Los Gigantes fueron subcampeones en los playoffs, y en 22 partidos de la postemporada bateó tres jonrones con 18 carreras remolcadas.

Esta actuación le valió el premio al Jugador Más Valioso de la liga.

Fue hospitalizado cuando la herida de la rodilla se le infectó e inflamó y tuvo que ser drenada.