Comenzó su actividad deportiva corriendo en carreras cuadreras de la zona,[2] siguiendo a su hermano Hugo [2].
[2] En el año 2004, vivió y compitió en Arabia Saudita, cuando fue contratado por el jeque Abdalá bin Abdulaziz para ser el jockey de sus caballos.
Ganó su primer Gran Premio en el año 1995, al vencer en el Dardo Rocha con Potrialma.
A lo largo de sus 30 años de trayectoria como jockey, Noriega ha ganado, además, cuatro Gran Premio Nacional, tres Gran Premio Carlos Pellegrini, un Clásico San Jerónimo[3] y un Santo Patrono Santiago.
[4] En total, Juan Carlos Noriega ha triunfado en más de 3200 carreras.