En la temporada 1995-96 se incorporó nuevamente a la cantera del R. C. D. Español, en la que estuvo un año alternando entre en el filial y el primer equipo.

Un año después, 2000-01 vuelve cedido al Atlético de Madrid que militaba por entonces en Segunda División.

El equipo cosechó grandes resultados, con una excelente campaña y un ascenso a la Primera División de España.

Durante tres temporadas ejerció como segundo entrenador del Valencia C. F., que se clasificó para jugar en la Liga de Campeones, 3.º en las temporadas 2009-10 y 2010-2011 pese a que jugadores estrella como David Villa y David Silva habían sido transferidos.

En enero de 2013 comenzó un nuevo desafío como segundo entrenador en la Liga española cuando Emery firma con el Sevilla Fútbol Club.

Los registros del equipo mejoraron pero no pudo clasificarse para competiciones europeas, quedando en el 9.º puesto.

No obstante, los problemas económicos de algunos equipos mejor clasificados y la aplicación de la nuevas medidas diseñadas por la UEFA relativas al Fair Play, le dieron el acceso a la Europa League al equipo sevillano.

En la Liga el equipo quedó en séptima posición y llegó a la final de la competición europea donde superó al Liverpool por 3 a 1 consiguiendo el Sevilla un nuevo título y una nueva clasificación para la Liga de Campeones.

Finalizando la temporada 2017-18 el París Saint-Germain ganó todos los títulos nacionales posibles tras conquistar la Copa de Francia.

En la temporada 2019-20, tras varios partidos sin ganar, el equipo técnico se vio obligado a dejar el club y quedando el histórico londinense en 8.º puesto en la Premier League.