Esta ha sido la principal causa de su nulo estudio, siendo la menos conocida obra de Caravaggio, y por consiguiente, también el Juan Bautista desconocido.
Gash es uno de los pocos estudiosos que han tenido acceso a él, y señala sus similitudes con Cupido durmiendo, especialmente en la tonalidad de la piel.
Según Gash «La luz y la oscuridad convergen majestuosamente en el Bautista, lo que crea un cuadro bellísimo y apegado a la tradición católica».
Bellori, quien visitó Malta para describir el Juan Bautista, cincuenta años después, menciona que se trató de un delito de índole sexual por lo que el pintor debió huir y refugiarse en Italia.
Robb recoge esta teoría en M (1998), pero la define como únicamente especulativa.