Por su actuación en la película independiente canadiense One Week (2008), Jackson ganó el premio Genie a la mejor interpretación de un actor en un papel principal.

Así que simplemente no tomaba las primeras clases, porque quería estar fresco cuando llegara allí".

[9]​ Mientras el programa estaba en pausa, apareció en varias películas, incluidas Cruel Intentions (una adaptación yuppie de Les Liaisons dangeruses de Nueva York que también protagonizó Sarah Michelle Gellar y Ryan Phillippe), The Skulls, The Safety of Objects, The Laramie Project y un corto cameo en la adaptación de Ocean's Eleven en la que aparece como él mismo en una escena de póquer con Brad Pitt, George Clooney y Holly Marie Combs, entre otros.

En 2000, también actuó como estrella invitada en la temporada 12 de Los Simpson, dando voz al personaje de Jesse Grass, un "ecologista guapo" e interés amoroso por Lisa Simpson en el episodio «Lisa the Tree Hugger».

[10]​ También fue elegido como "Beau" en la película Gossip en 2000 con los actores James Marsden, Kate Hudson y Norman Reedus.

Poco después de que Dawson's Creek terminara en 2003, Jackson interpretó el papel principal en películas junto a Dennis Hopper (Americano), Harvey Keitel (Shadows in the Sun) y Donald Sutherland (Aurora Borealis).

Jackson dijo que consideraría volver al escenario para probar suerte en Broadway.

Su siguiente papel cinematográfico fue en Bobby, dirigida por Emilio Estevez, el coprotagonista de Jackson en The Mighty Ducks.

[17]​ Jackson fue nominado para el premio Genie a la mejor interpretación de un actor en un papel principal por la película, One Week.

[20]​ En 2013, Jackson apareció en la película Inescapable (2013) de IFC con Marisa Tomei y Alexander Siddig.

[23]​ En marzo de 2018, Jackson hizo su debut teatral en Broadway, Children of a Lesser God, donde interpretó a James Leeds, un maestro poco convencional en la escuela para sordos que tiene una relación profesional y romántica conflictiva con una exalumna sorda, Sarah Norman (Lauren Ridloff).

[24]​ En 2019, Jackson interpretó al abogado defensor Mickey Joseph en la miniserie dramática de Netflix, When They See Us.

Él creció en un pueblo mucho más pequeño, que tiene sus propias limitaciones y beneficios, pero yo crecí en una comunidad en la que conocía a todos en el vecindario, iba al colegio con los mismos chicos y pasé una década de mi vida con las mismas personas.

Se siente más cercano a su madre y hermanas, pero ellas están fuera del pueblo, estudiando.

Además, en las primeras temporadas de la serie compartió departamento con James Van Der Beek.