Es en ese sentido que también debe comprenderse el matrimonio del rey español con la princesa portuguesa Bárbara de Braganza.

Esta resistencia dio origen a un conflicto entre los años 1754 y 1756, denominado Guerra Guaranítica, en la que españoles y portugueses juntos hubieron de hacer frente a los indígenas sublevados, más de una vez acaudillados por los propios jesuitas.

El tema fue tratado con un muy tenue rigor histórico en la película de 1986 La misión.

Liderados por el cacique Sepé Tiarayú (o Sepee), los indígenas fueron derrotados en las batallas del Daymán en 1754 y de Batoví en 1756.

Durante su segundo período, Viana dictó una serie de medidas administrativas para reprimir el contrabando.