En esa época fue asesor externo de las organizaciones holandesas Hivos y Novib para misiones de evaluación sobre el respeto a los derechos humanos en Costa Rica y Sri Lanka (1990-1991).

En este caso particular, Ugaz fue designado por el propio Fujimori (mediante resoluciones supremas Nos.

[5]​ En el momento de aceptar el cargo, José Ugaz pidió garantías al entonces Presidente del Perú para trabajar con total independencia.

[6]​ Pocos días más tarde, y tras difundirse videos grabados por el propio Montesinos en los que se evidenciaba la implicación en la trama corrupta de altos cargos de las Fuerzas Armadas y del propio Presidente del Perú,[7]​ Fujimori huía a Japón[8]​ y era destituido de su cargo por el Congreso.

Desde 2008, José Ugaz es miembro del Consejo de la Conferencia Internacional Anticorrupción (International Anti-Corruption Conference, IACC), y miembro individual de Transparency International.

[16]​ Además de desempeñar su labor docente en la PUCP, José Ugaz es conferenciante habitual en diversos eventos y países sobre Corrupción y Lavado de Dinero; entre ellos, APEC, OECD, Estados Unidos, Argentina, Ecuador, Colombia, Paraguay, Bolivia, Nicaragua, Honduras, Panamá, Gran Bretaña, República Checa, México, Suiza, España, Brasil, Chile, Guatemala, Japón, Corea, Grecia y Tailandia.