José Morais comenzó su carrera como entrenador en las bases del SL Benfica.

Más tarde, entrenaría a numerosos equipos de todo el mundo, dirigiendo a escuadras de Alemania, Suecia, Yemen y en países como Arabia Saudita y Túnez hasta en dos clubes distintos.

[1]​ El técnico portugués fue hombre de confianza de José Mourinho, con el que ocupó el cargo de segundo entrenador en el Oporto, Real Madrid, Chelsea e Inter de Milán, conquistando varios títulos europeos, entre ellos, la Champions.

Entre su carrera en solitario, destacan sus experiencias en Arabia Saudita, Túnez (dos ocasiones entrenaría al Espérance Sportive de Tunis), Turquía y Grecia.

En octubre de 2016, se convierte en entrenador del AEK Atenas, tras abandonar en el mismo mes, el conjunto turco del Antalyaspor.