Debido a su oposición al Gobierno de los Seis Años de Buenaventura Báez, José Joaquín Pérez vivió exiliado en Puerto Rico desde 1868 hasta 1874.

A su retorno, ocupó importantes cargos públicos y políticos.

Dirigió los periódicos La Gaceta Oficial, el Eco de la Opinión y El Porvenir.

En 1877 publicó su obra Fantasías indígenas (Imprenta Garcia Hermanos, Santo Domingo), con la que inició a partir de la asunción de los mitos taínos, comenzó a pensar la historia insular.

Se le consideró «el cantor de la raza indígena».