En agosto del año siguiente se vio envuelto en un tiroteo con la policía en San Sebastián junto al también miembro de ETA José María Arruabarrena Esnaola, El Tanque.
Este quedó gravemente herido, mientras Garmendia recibió un disparo en la cabeza.
Fue operado y logró salvar la vida, pero quedó muy discapacitado.
Mientras su pena de muerte fue conmutada, dado el lamentable estado que presentaba, Otaegui fue fusilado el 27 de septiembre, en las que serían las últimas ejecuciones del franquismo, junto con otros cuatro terroristas, uno de ETA y tres del FRAP.
Ambos fueron trasladados en un avión militar a Oslo, donde les esperaba Iñaki Sarasketa, extrañado unos días antes.