[4] La relación entre Jorge Arguindegui, el ministro de Defensa, Raúl Borrás y el presidente Raúl Alfonsín no fue buena desde el inicio de su comandancia en el ejército.
Esto se debió a que en la ceremonia del 16 de diciembre de 1983 en la cual lo nombraron jefe del Estado Mayor, Arguindegui invitó a militares comprometidos gravemente con violaciones a los derechos humanos, como Jorge Rafael Videla, Roberto Eduardo Viola y Domingo Antonio Bussi.
Ese mismo día, tras apenas 202 días al frente del Ejército Argentino, Jorge Arguindegui pidió su pase a retiro.
Entre sus vínculos se destacaban las amistades que conservaba con Santiago de Estrada y el expresidente Arturo Frondizi.
En 1991 intentó postularse como candidato a gobernador de la Provincia de Buenos Aires por el Movimiento Popular Bonaerense; finalmente dichas pretensiones no se materializaron.