Comenzó su carrera como sénior en el S. C. Kriens, club en el que jugó entre 2012 y 2014, año en el que fichó por el F. C. Luzern de la Superliga de Suiza.
Durante la temporada 2015-16 estuvo cedido en el F. C. Le Mont.
Tras realizar una buena temporada 2017-18 con el Luzern fue fichado por el F. C.
En 2019 levantó la Copa de Suiza con su nuevo club, lo que les sirvió para disputar la Liga Europa de la UEFA 2019-20.
El Basilea quedó encuadrado en el Grupo C junto con Getafe C. F., FC Krasnodar y Trabzonspor, logrando el Basilea el liderato del grupo, y con Omlin entre los porteros menos goleados de la competición, condición que mejoró tras no recibir ni un solo gol en los dieciseisavos de final, donde el Basilea apeó con claridad al APOEL de Nicosia por un 4-0 en el global de la eliminatoria.