[6]​ La aventura de Pussy Galore duró hasta 1990, fecha en que la banda se disolvió tras grabar varios álbumes, EP y sencillos,[7]​ entre ellos una casete que contenía, una por una, versiones muy sui generis del Exile on Main St.

Además, una año antes de la disolución de Pussy Galore, Spencer y Martinez formaron Boss Hog, banda que continúa en activo y que se formó para cubrir un concierto cancelado, a última hora, en el CBGB.

[3]​ Simins y Spencer comenzaron a tocar juntos y cuando se unió Bauer formaron oficialmente la Jon Spencer Blues Explosion,[4]​ que se convirtió en el principal proyecto de Spencer, con lo que la actividad con Boss Hog quedó drásticamente reducida tras la publicación de Drinkin' Lechin' & Lyin' (Amphetamine Reptile, 1989) y Cold Hands (Amphetamine Reptile, 1990).

[12]​ A Extra Widht le siguieron Orange (1994) y Now I Got Worry (1996), ambos producidos por Jim Waters, en los que empezaron a experimentar con la producción y las remezclas, colaborando artistas como UNKLE, Beck, Calvin Johnson (de Dub Narcotic Sound System),[15]​ Moby o GZA (de Wu-Tang Clan).

El EP tuvo tanto éxito en la escena underground que llamó la atención de Geffen, quienes firmaron un contrato con la banda y editaron Boss Hog (DGC, 1995).

[17]​ Aparte de colaborar con Burnside, la Blues Explosion realizó una gira que les llevó, entre otros lugares, por España.

El grupo se encontraba en un excelente momento de forma, dando conciertos muy enérgicos que eran aplaudidos por la crítica.

[20]​ Además, por primera vez se pusieron en manos de varios productores: Calvin Johnson, Steve Albini, Dan the Automator, Suzanne Dyer, Jim Dickinson y Alec Empire.

Fruto de las sesiones fue un álbum editado por Toy's Party ese mismo año: Spencer Dickinson.

Aparecieron un par de trabajos que dividieron a la crítica: Plastic Fang (2002) y Damage (2004).

Durante estos años Jon Spencer estuvo concentrado en su nuevo proyecto, enlazando giras y grabaciones de manera continua.