Trabaja en sistemática y biogeografía, con énfasis especial en la región tropical de los Andes en Sudamérica y África.

Su especialización son los pájaros del Orden Passeriformes, pero también otros grupos de vertebrados.

Los temas principales son especiación y la interacción de factores históricos y ecológicos que moldean patrones regionales de la riqueza endémica de especie.

Esto se desarrolla con los métodos biogeográficos tradicionales suplidos con estudios ADN (en colaboración con otros institutos) y de bases de datos distribucionales comprensivas (parámetros ambientales remotamente detectados).

La abreviatura J.Fjeldså se emplea para indicar a Jon Fjeldså como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.