Sus habitantes reciben el gentilicio en francés de joviniens o maillotins.

La localidad está clasificada como Villa y País de Arte e Historia.

Diversos vestigios y testimonios certifican que el lugar fue habitado ya desde el neolítico, ocupado por los romanos (Joviniacum es mencionado en textos), posteriormente por los merovingios a cuya época remonta la construcción de una plaza fuerte de finales del siglo X, a cargo de Raynard el Viejo, conde de Sens, que marca el nacimiento de la ciudad actual, fundada oficialmente en el año 996.

Capital del condado y sede de numerosos oficios durante el Antiguo Régimen, Joigny se convirtió en subprefectura con la creación de los departamentos franceses, condición que perdió en 1926 para pasar a ser cabecera del cantón.

La ciudad fue víctima de los bombardeos durante la Segunda Guerra Mundial, que afectaron gravemente a la plaza Saint-Jean, la puerta Saint-Jean y la Casa de Bailli (monumento histórico), renovada y restaurada inmediatamente al finalizar la guerra.