Cuando Kreese regresa al Valle de San Fernando y recupera el Dōjō Cobra Kai, Johnny, sin quererlo, une fuerzas con Daniel para derrotarlo a él y luego a Terry Silver.

Después de perder la propiedad de Cobra Kai ante un Kreese impenitente, Johnny formó un nuevo Dōjō llamado Eagle Fang Karate y se asoció con Daniel y el Dōjō Miyagi-Do, lo que eventualmente los llevó a terminar su rivalidad.

Johnny es el dos veces campeón defensor del torneo All Valley Under-18 Karate Championships en 1982 y 1983.

Kreese está de acuerdo, pero advierte que si no asisten al torneo, tanto Daniel como el Sr. Miyagi serán declarados presa fácil para Cobra Kai.

En el torneo, Johnny avanza rápidamente a la final, anotando tres puntos sin respuesta contra un oponente muy hábil en su partido de semifinales.

Durante la pelea, Daniel toma la delantera y le provoca a Johnny una hemorragia nasal.

Temiendo a su sensei, Johnny logra darle un codazo en la pierna mala de Daniel, recibiendo una advertencia del árbitro.

Habiendo ganado un nuevo respeto por su némesis, Johnny le entrega personalmente el trofeo a Daniel.

[4]​ Kreese reprende duramente a Johnny por perder ante Daniel, rompiéndole el trofeo del segundo lugar y estrangulándolo.

Sid lo rescata, lo repudia y se ofrece a comprarlo con una suma de dinero no revelada.

Johnny decide apelar la prohibición y le dice al Comité All-Valley que su Cobra Kai se maneja de manera diferente a como lo hacía Kreese, alegando que Kreese ha estado muerto durante años y que nunca ha tenido ninguna asociación con Silver o Barnes ni ha oído hablar de ellos.

En ese momento, Johnny enfurecido empuja a Daniel contra la pared y sale furioso.

En el torneo All-Valley, tanto Miguel como Hawk llegan a las semifinales, junto con Robby.

Más tarde esa noche, John Kreese aparece inesperadamente en el Dōjō Cobra Kai para felicitarlo.

Mientras tanto, Daniel reabre Miyagi-Do en un intento de competir y socavar a Cobra Kai ofreciendo lecciones gratuitas.

Lanza su botella de whisky a su coche, abandonándolo junto con su teléfono inteligente, que deja caer en la arena.

Él se aleja, sin saber que Ali le ha enviado una solicitud de amistad en Facebook.

Una vez que Miguel sale del hospital, Johnny dedica su tiempo a ayudarlo con fisioterapia que incluye métodos poco ortodoxos, y logra tener éxito después de llevarlo a un concierto de Dee Snider, reparando su ruptura inicial con Miguel y Carmen en el proceso.

Motivado por su éxito con Miguel, Johnny crea un nuevo Dōjō de artes marciales llamado Eagle Fang, compuesto por Miguel y varios otros estudiantes que Kreese ha expulsado de Cobra Kai, incluidos Mitch y Bert.

Al encontrar un punto en común, Johnny y Daniel acuerdan entrenar junto con sus estudiantes en Miyagi-Do.

Sin que nadie lo supiera, excepto Tory, Silver sobornó en secreto al árbitro para manipular el partido final a favor de Cobra Kai.

Después del torneo, Johnny visita el Dōjō Cobra Kai, ahora abandonado.

Por otro lado, Johnny tiene que lidiar con las crecientes tensiones entre Robby y Miguel debido a su historia previa.

Con su nueva familia ahora unida, Johnny posteriormente acepta volver a unirse a la lucha contra Cobra Kai, pero un abatido Daniel no quiere tener nada más que ver con eso después de ser severamente golpeado por Silver debido a que estaba deprimido por su resentimiento hacia Silver, lo que tensó su relación con Amanda y su familia.

Chozen y Johnny deciden asaltar un Dōjō local de Cobra Kai y derrotar a uno de los sensei, pero rápidamente se ven obligados a huir cuando aparece el sensei Kim Da-Eun.

Después de enterarse por Kreese que Silver planea inscribir a Cobra Kai en el Sekai Taikai, un torneo internacional de karate, Daniel y Johnny logran que Miyagi-Do y Eagle Fang también sean invitados, pero se les informa que deben elegir un solo nombre para sus Dōjōs combinados para el torneo en lugar de ser Miyagi-Do y Eagle Fang.

Silver deja a sus secuaces para ocuparse de Johnny mientras se dirige al Dōjō Cobra Kai.

Sin embargo, desde principios del siglo XXI, los personajes de Johnny y Daniel se han desarrollado más profundamente.

[11]​ Esto influyó en el lanzamiento de Cobra Kai, que ofrece una perspectiva equilibrada para Johnny, Daniel y otros personajes.

También en 2013, Zabka prestó su voz a Johnny en un episodio de Robot Chicken titulado "Aneurisma inducido por cafeína".