Allí conoció a John Presper Eckert, un graduado reciente de la Moore School.
Mauchly aceptó una plaza de profesor en la Moore School, que era un centro para la computación militar.
La propuesta enfatizó la enorme ventaja de velocidad que se podía ganar usando la electrónica digital sin partes móviles.
La Armada acordó con la Moore School construir la Electronic Numerical Integrator and Computer (ENIAC).
Mauchly encabezó el diseño conceptual mientras que Eckert llevó a término la ingeniería del hardware de la ENIAC.
Un gran número de otros ingenieros con talento contribuyeron al proyecto secreto “PX”.
Podía sumar cinco mil números o hacer catorce multiplicaciones de diez dígitos en un segundo.
Eckert propuso una memoria de mercurio para guardar tanto el programa como los datos.
Goldstine, en un movimiento que crearía controversia, eliminó cualquier referencia a Eckert y Mauchly, y distribuyó el documento a una serie de colegas de von Neumann en todo el país.
Harvard, IBM, Bell Labs, Eastman Kodak, General Electric y la National Cash Register.
Su experiencia programando la ENIAC y sus sucesores lo llevaron a crear el "SHORT CODE", el primer lenguaje de programación usado actualmente en un ordenador (precedido por el conceptual Plankalkul de Zuse).
A John Mauchly se le ha reconocido también el ser el primero en usar el verbo "programar" en su artículo de 1942 sobre ordenadores electrónicos, aun cuando fue en el contexto del ENIAC y no en su significado actual.
Fue un miembro fundador y Presidente de la “Association for Computing Machinery” (ACM) y también ayudó a fundar la “Society of Industrial and Applied Mathematics” (SIAM).
El juez Larson declaró que "el problema principal se derivó" del anterior Atanasoff-Berry Computer (ABC).
El mecanismo de entrada y salida no era suficientemente fiable para acabar un problema (treinta ecuaciones con 29 incógnitas) sin error.
También, la máquina usaba un clock de 60 Hz, limitándose a treinta operaciones por segundo.