Investigó el llamado efecto Tyndall, denominado así en honor a su nombre.
En 1887, confirmó la teoría de biogénesis, formulada por Luis Pasteur en 1864, aplicando esterilización por calentamiento discontinuo, proceso que actualmente se conoce con el nombre de tyndalización.
Evidenció la existencia de formas microbacterianas en reposo, muy resistentes al calor, lo que fue confirmado posteriormente por Ferdinand Cohn.
La teoría derribó la anterior idea de la Generación Espontánea, que se mantenía vigente desde 1745.p3m3
Gracias a sus aportes hoy en día se usan sistemas de ventilación complejos en los quirófanos para evitar la agregación de partículas aéreas en los pacientes en intervención.