Para las elecciones de 2012 se habló sobre una posible postulación presidencial.

Thune es un liberal económico, que quiere menos acción del gobierno federal.

Sin embargo, es muy conservador en cuestiones sociales y familiares, y la American Conservative Union le dio una puntuación máxima de 100 en 2006.

En 2005, dijo que seguía apoyando la guerra de Irak.

Reconoce la existencia del cambio climático pero no es partidario de las medidas para afrontarlo.