Pero al estallar la Guerra civil inglesa en 1642, se alió con el Parlamento y perdió así su posición (lord Lovelace se ahirió a la causa realista) y la posibilidad de acceder a la herencia de su tío galés, que era también realista.

Marchó a Londres y por un tiempo vivió en Charterhouse Yard, preocupado por cuestiones teológicas; pero sus dudas fueron allanadas por un sermón que predicó un desconocido en la iglesia de Saint Mary Aldermanbury, a donde había ido con intención de escuchar a Edmund Calamy el Viejo (1600-1666), un famoso predicador presbiteriano; había sido sustituido por este otro personaje, que predicó sobre Mateo VIII, 26: “¿Por qué teméis, hombres de poca fe?”.

En 1646 pasó a ser ministro en Coggeshall (Essex), a unas cinco millas al sur, una ciudad de comerciantes frecuentada por tratantes flamencos; predicó ante el Parlamento el día después de la ejecución del rey Carlos I, y logró cumplir su tarea sin mencionar directamente ese evento.

En 1647 nuevamente argumentó contra el Arminianismo, lo que lo llevó a un largo debate con Richard Baxter.

Pero su relación con Cromwell se disolvió cuando este fue tentado en 1654 para ser rey de Inglaterra; aunque lo rechazó, el parlamentario Owen ya no volvió a sentirse partidario suyo.

Apenas unos días después del deceso, Owen se reunió con otros 200 líderes congregacionalistas, incluidos Thomas Goodwin (1600-1680), Philip Nye (1596-1672) y William Bridge (1600-1671), en la capilla del antiguo Palacio de Saboya en Londres para hacer el escrito.

Durante sus ocho años de vida oficial en Oxford, Owen se mostró a sí mismo como un dirigente firme, aunque, como señaló John Locke, las tradiciones aristotélicas en educación no experimentaron ningún cambio.

Los servicios anglicanos se llevaron a cabo aquí y allá, y en la propia Iglesia de Cristo, se permitió oficiar al capellán anglicano, que permaneció en el colegio.

Como vicecanciller actuó con disposición y espíritu cuando estalló un levantamiento realista en Wiltshire en 1655; su adhesión a Cromwell, sin embargo, no fue en modo alguno servil, ya que hizo, a petición de Desborough y Pride, una petición en contra de que recibiera la realeza cuando le fue ofrecida.

En 1661 se publicó el célebre Fiat Lux, obra del fraile franciscano John Vincent Cane; en él, la unidad y la belleza del catolicismo se contrastan con la confusión y la multiplicidad de las sectas protestantes.

En 1669, Owen escribió una enérgica protesta a los congregacionalistas de Nueva Inglaterra, quienes, bajo la influencia del presbiterianismo, se habían mostrado perseguidores.

En 1670, el gobierno eclesiástico de Samuel Parker atacó a los inconformes con torpe intolerancia.

Luego Andrew Marvell se deshizo de Parker finalmente con bromas y sátiras en The Rehearsal Transposed.

Baxter y Howe también respondieron a Stillingfleet, quien publicó entonces The Unreasonableness of Separation.

Owen respondió nuevamente, y luego abandonó la controversia a un enjambre de ansiosos combatientes.