Dos años más tarde se trasladó a Roma para completar su formación en el Pontificio Colegio Urbano de Propaganda Fide y ese mismo año, 1969, fue ordenado sacerdote el 3 de agosto.
Kizito, Isanlu, y fue rector del St.
En 1980 fue nombrado miembro durante cinco años de la Comisión Teológica Internacional y de la Comisión Internacional para el diálogo entre católicos y metodistas.
Así se convirtió en el obispo más joven de Nigeria.
Monseñor Onaiyekan participó en el Sínodo sobre la Nueva Evangelización (octubre de 2012).