Poco antes de mudarse a Warwick, publicó su libro Inquiry concerning the indications of insanity.[2] Desde 1833 y hasta 1835 — junto a John Forbes y Alexander Tweedie — fue editor de una conocida enciclopedia médica en cuatro tomos The Ciclopædia of Practical Medicine[3] En 1839 fue nombrado médico residente del Middlesex County Asylum, un asilo para alienados del condado de Hanwell.La forma de terapia que utilizó, aunque era muy simple y se basaba sencillamente en proporcionar los cuidados elementales sin quebrar la voluntad de los internos, llegó a merecer un nombre propio, conociéndose también como el «sistema Conolly».[4] Nada sencillo resultó, en cambio, poner en práctica la reforma y Conolly debió enfrentarse a una fuerte oposición.No obstante, logró imponerse y ganar finalmente la aceptación de sus colegas con su obra The Treatment of the Insane without Mechanical Restraints (1856), que fue decisiva para la generación y desarrollo, durante el siglo XIX, de un movimiento que en psiquiatría social se conoce como el «movimiento del non-restraint» y para su posterior generalización en el Reino Unido como principio fundamental de la atención psiquiátrica.
