John se interesó en la historia natural desde temprana edad al igual que su hermano, quien trabajó en Jardín Botánico Real en Calcuta, India desde 1861 a 1863.

Estudió anatomía con John Goodsir y se convirtió en doctor en Medicina en 1862 con la medalla de oro por su tesis en zoología.

Fue elegido como consejero en el Free Church College en Edimburgo y trabajó allí durante dos años.

Trabajó hasta 1887, cuando fue sucedido por James Wood-Mason y fue ascendido a superintendente del museo.

En 1875-6 Anderson viajó a la misma área bajo el mando del Coronel Horace Browne, que no prosperó.