Desde 1654 a 1658, Johann Daniel Major estudió en la Universidad de Wittenberg, graduándose en 1659 con maestría en medicina.
Posteriormente, viajó a Italia, donde obtuvo otro título en la Universidad de Padua por la tesis "Descripción del ave Albatros y otras observaciones curiosas".
Desde 1661 a 1663, ejerció como médico en Wittenberg, trasladándose en 1663 a Hamburgo, donde fue médico de la peste negra y escribió publicaciones médicas.
En 1666, realizó la primera disección pública de un cadáver humano en la actual Kiel.
Desde 1673 a 1682, también se dedicó a las antigüedades y a la historia natural, creando grandes colecciones y, desde 1685 a 1692, fundó el Museo de los Cimbrios, realizando excavaciones arqueológicas y estudiando la fauna y flora de la región.