Johann Karl Simon Morgenstern estudió en la Universidad de Halle en virtud de Johann August Eberhard (filosofía) y Friedrich August Wolf (Filología).
En 1802 se trasladó a Tartu, donde pasaría el resto de su vida.
Su antiguo profesor Wolf estaba decepcionado por este desarrollo, señaló en 1808 que su alumno estaba creciendo más elegante, vanidoso y aburrido con los años.
Incluso después de su jubilación en 1834 Morgenstern se quedó en Tartu.
En la novela de William Goldman La princesa prometida, el autor ficticio S. Morgenstern es casi con certeza un guiño a la acuñación del término Bildungsroman por parte de Morgenstern, ya que la novela es representativa del género.