Durante los 60 años que se desenvolvió como artista independiente de Marvel y luego como artista asalariado a distancia, Sinnott entintó prácticamente todos los títulos importantes de esa editorial, con períodos notables en Los Vengadores, Los Defensores y Thor.

[5]​ Las influencias que tuvo en la infancia, en cuanto a historietas, incluyen la tira de prensa Terry and the Pirates y los personajes Batman, Congo Bill, Hombre Halcón y Zatara.

Mary of the Snow y a la Saugerties High School.

Con su compañero de clase Norman Steinberg, Sinnott pasó nueve meses dibujando fondos y dibujos incidentales, en un principio para las historietas relacionadas con películas wéstern para Dell Comics.

[11]​ Sinnott recordó en 1992 «[haber] tomado el [tren de la] Long Island Rail Road todos los fines de semana y trabajar el día entero los sábados y domingos».

[12]​ En 1992, Sinnott recordó que su primer trabajo para Gill fue la historieta del Oeste Red Warrior y luego se sumó trabajo en Kent Blake of the Secret Service, ambos para Atlas Comics, un predecesor de Marvel Comics.

Sinnott recordó haber pensado: «"caramba, Stan no puede rechazarme porque está aceptando todo el trabajo que traemos".

Así que fui a ver a Stan y me dio un guion de inmediato [...]» [15]​ Dado que generalmente no se otorgaban créditos de creador en ese momento, las fuentes disponibles difieren en la primera asignación de Sinnott que no fuera para Gill en Atlas.

[17]​ Sinnott continuaría dibujando una multitud de historias de muchos géneros para la compañía a lo largo de la década: historias de terror, ciencia ficción y fantasía sobrenatural para Adventures into Terror, Astonishing, Marvel Tales, Menace, Journey into Mystery, Strange Tales, Uncanny Tales y otros; historietas bélicas para Battle, Battle Action, Battlefield, Battlefront, Combat, Navy Combat y otros, incluidas historias históricas de guerra en Man Comics; historias bíblicas en Bible Tales for Young Folk; wésterns en Frontier Western, Gunsmoke Western, Two Gun Western, Western Outlaws, Wild Western y otros, cocreando con escritores desconocidos los héroes titulares de los títulos The Kid from Texas y Arrowhead, este último protagonizado por un guerrero nativo americano; y ocasionalmente historietas policiacas (Caught ) y románticas (Secret Story Romances ).

[19]​ Sinnott recordó que la costumbre era que Bob Brown, el asistente del director de arte, llamara uno por uno a cada artista para reunirse con Stan Lee durante «tal vez diez o quince minutos [...] [Allí] habría una pila de guiones en el lado izquierdo de su escritorio, mecanografiados en papel legal amarillo.

Tomaría uno de la parte superior y no sabía lo que te estaría dando.

Te lo llevabas a casa y se esperaba que hicieras un trabajo profesional».

Durante la recesión económica de 1957 en la que Atlas despidió a la mayoría de su personal y trabajadores independientes, Sinnott encontró otro trabajo en los seis meses previos a que esta empresa lo llamara nuevamente.

Se redujo a 21 dólares por página cuando Atlas dejó de contratarme [...] Stan me llamó y me dijo: «Joe, Martin Goodman me pidió que suspendiera las operaciones porque tengo todas estas ilustraciones internas y tengo que usarlas todas antes de que pueda volver a contratarte».

[21]​Sinnott comenzó a hacer arte comercial, como vallas publicitarias y portadas de discos, así como a ser artista fantasma para algunas personas en DC Comics y un trabajo en las historietas Classics Illustrated.

También trabajó una temporada, que duró hasta 1963, con la editorial de historietas de bajo presupuesto Charlton Comics, colaborando como dibujante con el entintador Vince Colletta en varias historias para historietas románticas en los títulos First Kiss, Just Married, Romantic Secrets, Sweethearts y Teen-Age Love.

[18]​[25]​ En 1992, Sinnott creía que su primera colaboración con Kirby había sido una historia wéstern titulada Outlaw Man from Fargo,[12]​ pero no se cuenta con registros de ella.

Y lo hizo, pero ya me había comprometido [a] otra cuenta para [la historieta católica del editor George A. Pflaum's] Treasure Chest [...] y esta era una historia de 65 páginas que haría sobre uno de los papas [The Story Of Pope John XXIII, Who Won Our Hearts, en el vol.

[28]​Para entonces, Sinnott había entintado la introducción superhéroe Thor, en Journey into Mystery #83 (agosto de 1962).

[18]​ Después de esto, Sinnott comenzó su larga y célebre etapa en el título insignia de Marvel, The Fantastic Four, entintando a Kirby en The Gentleman's Name is Gorgon!

[18]​ Sinnott recordó en 2006: A través de los años, durante todos los 60s, [la editorial rival] DC Comics siempre me llamó y me preguntaba si haría trabajo para ellos, y yo le decía que [el editor de Marvel Comic] Stan Lee me daría todo el trabajo que yo quisiera.

[35]​Durante sus años como trabajador independiente para Marvel, y posteriormente como trabajador asalariado remoto, Sinnott entintó prácticamente todos los títulos importantes de la editorial, con periodos notables en Los Vengadores, Los Defensores y Thor.