Era el mayor de los hijos varones del entonces coronel laureado Rafael de Ceballos-Escalera y Ocón y de su esposa María del Carmen González de la Pezuela y Ceballos, hija a su vez de otro distinguido artillero montañés, el teniente general Joaquín González de la Pezuela Griñán y Sánchez de Aragón Muñoz de Velasco, I marqués de Viluma y penúltimo virrey del Perú, y de su esposa Ángela de Ceballos y Olarría.

Capitán de Artillería en julio de 1856, comandante en febrero de 1864, condecorado por su valor en la fracasada sedición del madrileño cuartel de San Gil (junio de 1866) con una cruz roja del Mérito Militar, teniente coronel graduado de coronel en noviembre de 1868, sirvió durante aquellos años varios destinos del Cuerpo, principalmente en la Dirección General de Artillería.

Fue elegido diputado a Cortes por Segovia en la legislatura de 1867 a 1868, asistiendo regularmente a alas sesiones parlamentarias.

En noviembre de 1873 la República le devolvió sus grados y honores militares, que él mismo renunció de inmediato.

En abril de 1876, terminada victoriosamente aquella guerra civil, el coronel Joaquín de Ceballos-Escalera estuvo al lado del Rey Alfonso XII en la triunfal entrada del Ejército del Norte en Madrid.