Su último equipo fue el Real Betis Balompié, dónde consiguió ser el jugador con más partidos disputados en la historia del club.

[6]​ En enero de 2025, se estrenó en Antena 3 El Capitán en America, un road trip del exfutbolista con su familia en prime time.

En los siguientes cinco años, Joaquín lo jugó prácticamente todo con el Real Betis Balompié y sumó más de 200 partidos oficiales con el club, asistiendo y anotando por igual (50 pases decisivos en los partidos de liga).

Finalmente, Joaquín acabó fichando por el Valencia por unos 25 millones de euros que supuso en ese momento el traspaso más elevado realizado por el club andaluz.

En la temporada 2009/10, Joaquín comenzó a tener una dura competencia por la titularidad con el joven Pablo Hernández.

El Valencia volvería a clasificarse para la Champions quedando tercero en el campeonato de Liga.

Con la salida de David Villa al F. C. Barcelona, a Joaquín se le dio el dorsal número 7 en la temporada 2010-11.

Su fichaje se cerró por una cantidad cercana a 4 millones de euros, en un momento en el que el equipo de la costa del sol, auspiciado por el jeque Abdullah ben Nasser Al Thani, realizaba una gran inversión deportiva.

En la Liga de Campeones demostraron a Europa el nivel del "EuroMálaga" con Joaquín como uno de los baluartes del equipo que logró vencer a rivales como el AC Milan y FC Oporto.

El Málaga alcanzó los cuartos de final cayendo en un polémico partido frente al Borussia Dortmund.

[24]​ En diciembre de ese mismo año marcó tres goles en un partido contra el Athletic y se convirtió igualmente en el jugador más veterano en conseguir un triplete de la competición española, récord superado posteriormente por Jorge Molina.

[28]​[29]​ En esta temporada aunque se hizo algo menos asiduo en las alineaciones titulares, disputó 36 partidos y marcó 2 goles entre todas las competiciones.

[31]​ Para despedirlo debido a su retirada, el Real Betis organizó un partido homenaje en el que se enfrentaron un equipo de futbolistas históricos del conjunto bético contra un equipo de leyendas mundiales.

Después del partido entre Irlanda del Norte y España en la clasificación para la Eurocopa 2008, el cual supuso la segunda no convocatoria consecutiva de Joaquín y que terminó con el resultado de 3-2, el jugador realizó las siguientes declaraciones: "En este momento, el equipo nacional es un desastre.

Pero cuando las cosas han ido regular siempre prescindió de mí y no he notado tener esa confianza.

Siempre que se ha hablado de limpieza en el equipo yo he sido el primero en caer.

Más tarde comentó: "Lo único que quería decir es que estos no son tiempos claros para la selección nacional después de perder ante Irlanda del Norte, pero no era mi intención atacar al equipo o a Luis Aragonés".