[1]​[2]​ Gnilka estudió teología, filosofía y lenguas orientales de 1947-1953 en Eichstätt, Wurzburgo y Roma.

en el año 1955 presentando una tesis sobre «Ist 1 Kor 3,10-15 ein Schriftzeugnis für das Fegefeuer?

Eine exegetisch-historische Untersuchung» («¿Es 1 Corintios 3,10-15 un testimonio del purgatorio?

En 1959, Gnilka se habilitó en Wurzburgo con la escritura «Die Verstockung Israels.

Isaías 6,9–10 en la Teología de los sinópticos») 1959-1962 Gnilka fue profesor asociado en la Universidad de Wurzburgo.