Después de dos años con el club norteño (entre 1988 y 1990), João Pinto intentó iniciar una carrera en España, ingresando en el Atlético Madrid B, pero la experiencia no salió bien y regresó a Portugal un año más tarde, sin haber realizado ningún partido con la camiseta "colchonera".

La carrera en Lisboa se prolongó hasta 2000, año en el que el entonces presidente benfiquista, João Vale e Azevedo, decidió dispensarle, dejándole sin club antes de la Eurocopa de Holanda y Bélgica en la que Portugal llegó a las semifinales, con un equipo donde militaban João Pinto, Luís Figo y Rui Costa.

En su nuevo club hizo exhibiciones decisivas junto con el artillero brasileño Mário Jardel, consiguiendo consagrarse campeón luso una vez más en 2001/02.

Finalizado su contrato con los "leones", en 2004,[1]​ João Pinto regresó al Boavista,[2]​ donde permaneció hasta 2006, firmando después por su último equipo el Sporting Braga, poniendo así el punto final a su carrera después de 20 años como futbolista profesional.

También estuvo presente en la Eurocopa de los Países Bajos y Bélgica, llegando a la semifinal.