Cambió su apellido profesional en homenaje a su ídolo de la infancia Fernando Gomes.

Anotó 23 goles en 79 partidos en tres temporadas que jugó para el club antes de ser transferido a Benfica.

El éxito en la Eurocopa 2000 hizo que clubes extranjeros muestren su interés en el internacional portugués e hizo que fuera transferido al club italiano Fiorentina.

Sin embargo, el club italiano pasaba por dificultades financieras, y Nuno finalmente lo dejaría dos años más tarde.

Volvió al Benfica en 2002, pero una serie de lesiones hizo que jugara solo 70 veces desde 2002 a 2005.

Sigue siendo el máximo goleador de la cuarta Sport Lisboa e Benfica en la competición europea.