Con la guía de Yatabe, Matsumura comienza su historia en el campo botánico.

En 1882, se crea la "Botanical Society of Tokio" (hoy "Sociedad Botánica de Japón), participando en su organización.

Y el Profesor Yatabe funda la "Rōmaji-kai", o "Sociedad del Alfabeto Romano" (el pasaje de un término japonés a letras latinas se llama rōmaji).

Matsumura trabaja con este nuevo lenguaje, rōmaji, y realiza su tesis en rōmaji: "Gakujutsu-jono Kakimono wa Romaji wo motto Kakubeshi."

En 1883 es profesor asistente en botánica en la Universidad de Tokio, y en 1890 ya es profesor titular; y en 1897 director de los Jardines Botánicos.