Al aterrizar en la isla, Jin se vuelve sobreprotector de Sun y le prohíbe asociarse con los otros supervivientes.

Al descubrir que su esposa hablaba perfecto inglés durante todo ese tiempo, Jin regresa a las cuevas para recoger sus pertenencias, ignora las disculpas de Sun y se une a Michael en la construcción de una segunda balsa (...In Translation).

Aún preocupado, Jin prohíbe a Sun cuidar de su jardín, y tras una discusión, él lo destroza.

Jin se ve involucrado en la investigación sobre la aparente muerte de los sobrevivientes Nikki y Paulo.

El líder del grupo, Ryan Price, junto con Tom Friendly, amenazan con matar a Jin si Sayid y Bernard no cooperan.

Friendly, Hurley llama a Jack y a los demás para avisar que Jin, Sayid y Bernard están vivos, para la alegría de todos, incluida Sun, quien ya estaba preocupada por su esposo (Through The Looking Glass).

Más tarde, Bernard lo acompaña a pescar en el mar, y le dice que ellos son los únicos hombres casados en la isla.

Sun le dice que Juliet la convenció de quedarse así pueden esperar la oportunidad para ser rescatados (Ji Yeon).

Un día, tras confirmar que es seguro, Sayid regresa con la lancha rápida para llevar a la gente al bote.

Cuando encuentran la bomba en el barco, Jin se une a Michael y Desmond intentando desarmarla.

Michael logra congelarla para darles más tiempo, pero los tres reconocen que si desconectan algún cable, la bomba explotará al instante.

Rousseau piensa que todos los que entraron al templo enfermaron, y en un momento, baja la escopeta para escuchar a Robert, pero cuando él intenta dispararle (ella ya le quitó las balas antes), ella reacciona ante el engaño y lo mata.

Luego, ella ve a Jin, y también intenta matarlo pensando que por su desaparición se "infectó", pero otro flash de luz lo salva.

Este salto temporal le permite reencontrarse finalmente con Sawyer, Juliet, Locke, Faraday, Miles, y Charlotte.

Tras quedar inconscientes debido a la cerca sónica, al despertar, Sawyer inventa una historia de coartada de que su tripulación naufragó mientras buscaba la Roca Negra, y son admitidos en Dharmaville para pasar la noche, pero Horace les dice que deben abandonar la Isla al día siguiente.

Al parecer, él ha estado buscando en distintos sectores cualquier rastro de los que se fueron, pero en 3 años, nunca encontró a nadie.

Luego de abrazos y saludos, él les pregunta por Sun, pero ellos no saben donde está ahora, sólo que venía con ellos.

Tras avisarle a James, Jin los lleva cerca de un risco, donde se reencuentran con él, y deciden qué hacer.

Tras escuchar que vinieron en un avión de Ajira, Jin reacciona, toma una camioneta y va a la estación La Llama para verificar si hubo un aterrizaje.

Un par de días después, Sayid escapa con ayuda del joven Ben, pero Jin lo encuentra mientras patrulla.

Cuando Jin despierta, ve al joven Ben herido tras el disparo recibido por parte de Sayid, y lo lleva inmediatamente a la enfermería para salvarlo.

En el camino, se encuentran con Dr. Chang, y tras las revelaciones de Faraday, Hurley admite que son del futuro.

Mientras huye, Jin queda atrapado en una vieja trampa para osos, y Claire lo rescata, después de noquear a Justin (What Kate Does).

Poco después, el Hombre de Negro aparece, a quien Claire dice que es su "amigo".

Sin embargo, Jin no tiene más remedio que seguir al grupo del Hombre de Negro mientras viajan por la isla.

Así, Jin ve con lágrimas en los ojos fotografías de su hija, viendo a su chica por primera vez.

Luego, Jin por fin se reencuentra con su esposa cuando ella, Kate, Sawyer, Hurley, Frank y Claire llegan a la isla Hydra en el bote de Desmond.

Aunque Jin sigue intentando liberar a Sun, no lo logra y ella le pide que se salve, él decide quedarse con ella porque le prometió que nunca la volvería a dejar, y ambos finalmente mueren ahogados, agarrados de la mano (The Candidate).

Encuentra a Keamy malherido, y de repente Jin aparece por detrás apuntándole con un arma.

Juliet parece sorprendida porque pensó que sólo hablaban coreano, y ellos sonríen, porque ahora la recuerdan.