Volvió a Praga en 1947, pero fue detenido en 1948 por el nuevo gobierno comunista de Checoslovaquia con el cargo de haber servido en el ejército británico durante la Segunda Guerra Mundial.

Salió de prisión en 1953, dedicándose de lleno a la escritura y a publicaciones para dar a conocer los trabajos de su padre, pasando la mayor parte del tiempo en el extranjero.

Estaba en París cuando ocurrió la Revolución de terciopelo en Checoslovaquia, que derrocó el régimen comunista.

Entonces, regresó a Praga, falleciendo dos años más tarde, en 1991.

Se casó dos veces, la primera en 1940 con la compositora checa Vitezslava Kapralova, y tras la muerte de ésta a los dos meses de la boda, con la también compositora escocesa Geraldine Thomsen, con quien tuvo en 1948 un hijo, John Mucha.