En 2002, Peralta se trasladó hasta el equipo de Doble-A Akron Aeros, donde bateó para .281.

En 2004, a pesar de haber tenido grandes números en Triple-A, Peralta sólo vio 25 veces al bate en ocho encuentros con los Indios debido a la presencia del favorito de los fanes Omar Vizquel, quien dejó a los Indios para convertirse en un agente libre tras la temporada 2004.

En ese momento, Peralta se había establecido como uno de los mejores bateadores de las ligas menores en su tiempo con los Akron Aeros y Buffalo Bisons.

Peralta bateó para .292, sus 24 jonrones y sus 78 carreras impulsadas establecieron un récords para un campocorto de los Indios.

Se atrincheró en el tercer lugar del orden de bateo en la potente alineación de los Indios y demostró una habilidad especial para dar hits en las últimas entradas.