Luego, en su adolescencia con la ayuda del entrenador Carlos Barato pasa por Independiente Santa Fe y Academia Compensar en donde a pesar de ser un jugador destacado en torneos como el PonyFutbol, veía truncado su proceso formativo por su estatura.

Tras la llegada de Santiago 'Sachi' Escobar no fue tenido en cuenta y quedaría como jugador libre.

Marcaría su primer gol en el partido de vuelta por la Copa Libertadores dándole la victoria por la mínima frente a Atlético Paranaense aunque caerían eliminados por penales.

Duque terminaría consolidándose en el equipo embajador, la junta directiva de Millonarios Fútbol Club decide comprar su pase y extender su contrato hasta 2020.

[10]​ Durante las 5 temporadas que militó en el equipo paisa, Jhon jugó 80 partidos donde convirtió 2 goles y se consagró campeón de Categoría Primera A, Copa Colombia y Superliga de Colombia, siendo el club en donde más ha triunfado.