Jhon Duque

Luego, en su adolescencia con la ayuda del entrenador Carlos Barato pasa por Independiente Santa Fe y Academia Compensar en donde a pesar de ser un jugador destacado en torneos como el PonyFutbol, veía truncado su proceso formativo por su estatura.Tras la llegada de Santiago 'Sachi' Escobar no fue tenido en cuenta y quedaría como jugador libre.Marcaría su primer gol en el partido de vuelta por la Copa Libertadores dándole la victoria por la mínima frente a Atlético Paranaense aunque caerían eliminados por penales.Duque terminaría consolidándose en el equipo embajador, la junta directiva de Millonarios Fútbol Club decide comprar su pase y extender su contrato hasta 2020.[10]​ Durante las 5 temporadas que militó en el equipo paisa, Jhon jugó 80 partidos donde convirtió 2 goles y se consagró campeón de Categoría Primera A, Copa Colombia y Superliga de Colombia, siendo el club en donde más ha triunfado.