García Sanjuán pasa por todas las categorías inferiores del Real Zaragoza, hasta llegar a debutar en el primer equipo en la temporada 1990-1991, en la cual disputa siete partidos de liga en Primera División.
En el conjunto maño permanece durante ocho temporadas, si bien la última de ellas, la 1997-1998, la inicia cedido en el Wolverhampton Wanderers de Inglaterra, retornando a la disciplina aragonesa en diciembre.
En el verano de 1998, García Sanjuán ficha por el Villarreal CF, equipo con el que disputa 22 partidos de liga, sin anotar ningún gol.
Al año siguiente recala en el Córdoba CF, en Segunda División, donde tiene también una participación no excesivamente destacada, con 26 encuentros en su haber en la categoría de plata.
En julio de 2000, y junto a varios futbolistas españoles más, decide embarcarse rumbo a Escocia para fichar por el Airdrie, presidido por el exfutbolista Steve Archibald.