Pasó sus primeras dos temporadas con los DSL Indians de la Dominican Summer League.Aguilar y Francisco Lindor representando a los indios en el 2012 All-Star Juego de Futuras estrellas.El toletero tenía prácticamente contados sus días en la organización que durante la semana lo colocó en asignación luego de nueve años en las granjas del equipo, reseñó leones.com.Sin embargo, en las mayores, no ha tenido la oportunidad de demostrar sus habilidades y apenas liga para .172 con un solo extrabase (un doble) y cinco carreras remolcadas en 35 encuentros con los Indios.Aguilar conectó un respetable .265 / .331 / .505 con 16 jonrones en 311 apariciones en el plato mientras trabajaba como primera base suplente de los Cerveceros en 2017, pero con una plantilla más abarrotada esta temporada, no está claro cómo los Cerveceros planean utilizarlo.Salvo una lesión a Braun o Eric Thames, Aguilar probablemente no verá suficientes turnos al bate como para ser relevante en ligas mixtas.[7] El 2 de abril de 2018, Jesús Aguilar hace debut este año como bateador designado, pego un roletazo, el cual provocó un doble play.