Su gran logro fue escribir la Historia de Nuevo Hampshire, publicada en tres volúmenes entre 1784 y 1792.
Este es el primer libro escrito por un norteamericano que utiliza técnicas de historiografía moderna.
Belknap fue bautizado por el historiador Thomas Prince, otro líder del siglo XVIII de Nueva Inglaterra.
En 1767 empezó su clericía en Dover, donde pasaría veinte años en la Iglesia congregacional.
Belknap los acompañó y fue su capellán durante el siguiente invierno.