Las opiniones radicales expresadas por Lutero en el debate teológico de Leipzig (1519) llevaron su relación a una ruptura abierta.

En 1527 Emser publicó una traducción alemana del Nuevo Testamento, de la Vulgata, con anotaciones.

Mientras realizaba estos viajes, Emser dio conferencias en la Universidad de Leipzig, pero gradualmente se interesó en la teología y el derecho canónico.

En ese mismo año Lutero tuvo una disputa con Emser en Leipzig, que los dividió definitivamente.

Fue un vigoroso controversialista, y junto a Eck uno de los más eminentes teólogos que se mantuvieron con la Iglesia Católica en Alemania.