Nació en Thisted, un pueblo situado al noroeste de Jutlandia (Dinamarca).

Su interés por Darwin le llevó a desarrollar varias tesis.

Su producción literaria propia se reduce a dos novelas, algunas narraciones breves y numerosos poemas.

Aunque Jacobsen fue ensalzado en su época como el literato que introdujo el naturalismo en Dinamarca, no escapó a las críticas de quienes consideraban su estilo un realismo simplicista.

Después, comenzó una novela histórica, Maria Grubbe (1876), en la cual trabajó durante tres años aunque la dejó de lado para viajar a Alemania e Italia.