Durante su adolescencia, padeció de depresión e intentó suicidarse en varias ocasiones.
En 1790, se casó en Berna y empezó a escribir en alemán, idioma en el que publicó su próximo poema, Alpenlied.
En el invierno de 1790, Baggesen regresó a Dinamarca y publicó el poema descriptivo Labyrinthen.
Durante los siguientes veinte años, viajó por Europa del Norte, asentándose finalmente en París.
Luego de pasar un tiempo en prisión debido a una deuda, su salud mental se deterioró.