[2]​ Hijo de un diplomático estadounidense, Agoos nació en Suiza mientras su padre se encontraba trabajando en ese país.

Comenzó jugando fútbol en la escuela secundaria en Texas, años después de que volviera a Estados Unidos con su familia.

En su primera temporada ganó la Copa de la MLS y la U.S Open Cup.

Agoos volvió a ganar la Copa MLS dos veces, al año siguiente y en 1998.

Estuvo con los Quakes hasta 2004, y pasó su último año como profesional en los New York MetroStars.