Javier Muñoz fue además el encargado de dirigir al filial del Breogán en la Liga EBA las tres siguientes temporadas (1999-2002).

[1]​ Sus buenas campañas le valieron para dar el salto en 2002 a la Liga ACB como entrenador ayudante de Andreu Casadevall en el C.B Breogán (2002-2004).

En la temporada 2005-06 llegaría su primera experiencia en la LEB, en el C.B Calpe, como entrenador ayudante de Paco Olmos, con quien repetiría como asistente en Melilla en la campaña 2007-08, y en la que el decano se quedó a un paso de disputar los Play-Offs.

La siguiente temporada viviría su primera experiencia como primer entrenador en LEB Oro, gracias al Club Baloncesto Ourense.

Muñoz permanecería el cuadro lucense durante cinco temporadas, formando parte del cuerpo técnico de entrenadores como Diego Epifanio y Veljko Mrsic.