Javi Motos comenzó su carrera en los banquillos trabajando en las categorías inferiores del Real Murcia Club de Fútbol.
En la temporada 2017-18, dirigió a su equipo Juvenil A de División de Honor con el que acabó la liga en quinta posición.
Al término de la temporada, lograría el ascenso a la Segunda División RFEF, tras vencer al FC Cartagena "B" en la final por el ascenso.
En la temporada 2021-22, Javi continuaría en el conjunto de San Javier, dirigiéndolo en la nueva categoría de la Segunda División RFEF.
[6] En la temporada 2023-24, tras el cambio de sede del club a Cartagena, sería entrenador del Racing Cartagena Mar Menor Fútbol Club de la Segunda División RFEF.