Javi Marín se formó en las categorías del CB Cimbis de su localidad natal.

Tras dos temporadas en liga EBA con el conjunto isleño, en la temporada 2013/14 Marín recala en el CAM Enrique Soler como jugador vinculado al Club Melilla Baloncesto.

Su buen hacer con el conjunto de Javi Nieto le valió para que en verano de 2015, el Aceitunas Fragata Morón lo incorporase para su proyecto en LEB PLATA.

En el cuadro sevillano jugó durante tres temporadas, siendo una pieza importante en las tres presencias consecutivas en los playoffs de ascenso a LEB ORO del equipo moronero.

De esta manera el jugador vuelve a Melilla, tras jugar hace algunas temporadas en el CAM Enrique Soler como jugador vinculado del Decano, pero ahora como jugador de la primera plantilla azulina.